Byly doby, kdy bylo Ferrari v GT závodění tak trochu ve stínu Porsche. Lámat se to začalo s příchodem Modeny.
Ferrari 360 Modena se představilo v roce 1999 jako náhrada za F355. Mezi těmito dvěma vozy nebyl po stránce dynamiky až tak velký skok, Modena měla motor F131 o výkonu 400 koní a na stovku zrychlila za 4,5 sekundy, zatímco F355 (s převodovkou F1 s pádly i s manuálem) zrychlila na stovku za 4,7 sekundy a měla 380 koní. Modena má ale přesto za sebou úspěšnou závodní kariéru, a to rovnou v několika verzích.
V roce 2000 představilo Ferrari verzi Spider, která měla elektricky skládaný soft top, jehož mechanismus sice přidával 59 kg ke hmotnosti, ale uspokojil tak zákazníky, kteří chtěli vítr ve vlasech. Ve stejném roce ale byli uspokojeni i zákazníci, kteří chtěli závodit, a to ve Ferrari Challenge. Je to mezinárodní šampionát založený v roce 1993, který trvá dodnes. U 360 Modeny přišla změna v tom, že šlo o fabrická auta, nikoliv dodávaný balíček úprav.
Myšlenkou Ferrari Challenge je nechat závodit privátní závodníky v upraveném sériovém autě, jako první bylo Ferrari 348. Modenu čekal stejný osud. Od sériové verze se tato závodní nelišila zas tak výrazně, vůz dostal aerodynamické a přítlačné prvky karoserie, kterým dominovalo velké zadní křídlo, dále pak lepší brzdy Brembo nebo závodní software ABS. Prvky jako klimatizace, elektrické stahování oken, stereo, hluková izolace, airbagy a ruční brzda byly odstraněny.
Standardní sedadla byla vyměněna za karbonové skořepiny, což sice ušetřilo další hmotnost, ale závodní klec a pásy opět nějakou hmotnost přidaly. Technické údaje Ferrari uvádějí, že výstupní výkon motoru F131 byl shodný s Modenou, tedy 294 kW a 373 N.m točivého momentu. Shodné bylo i zapalování a palivová pumpa. Všechny verze Challenge byly opatřeny jednospojkovou převodovkou F1 s řazením pádly pod volantem. Díky odlehčení však dokázala verze Challenge zrychlit z 0 na 100 km/h za 4,0 sekundy.
Jenže verze Challenge nestačila, zákazníci Ferrari nejsou jen gentlemanští závodníci, ale také profíci. Z toho důvodu přišla v roce 2002 varianta GT, případně ještě dříve N-GT od privátního týmu. Profesionální závodníci chtěli tuhle celohliníkovou věc na skutečné mezinárodní šampionáty a jejich prosby byly vyslyšeny. S motorem vyladěným na 430 koní šlo už o skutečné závodní náčiní. Závodní tým JMB Competition s výsledkem dokázal v roce 2001 porazit tehdy dominantní Porsche 911 GT3 RS v kategorii N-GT.
Vzhledem k tomuto úspěchu byla verze 360 GT nabízena týmům pro sezonu 2002 a do šampionátu se tak s tímto vozem zapojily ještě Mastercar a Team Veloqx, ale ne na celou sezonu. Tým JMB se v letech 2002 a 2003 umístil s tímto Ferrari na druhém místě a ostatní týmy měly střídavý úspěch. V roce 2005 bylo 360 GT nahrazeno 360 GTC, autem vyvinutým od Corse Clienti ve spolupráci s Michelotto Racing. Zde si mimochodem stavěli verzi N-GT odvozenou od 360 již od roku 2000.
Oproti GT mělo GTC přepracovanou aerodynamiku vyvíjenou v tunelu a hmotnosti byla v rámci restrikcí snížena na 1100 kilogramů. Tahle verze už měla 450 koní a elektroniku od Magneti Marelli. Převodovka byla dvouspojková. Titul už ale tento vůz nezískal a od následujícího roku byl nahrazován modelem F430 GTC. S ním už ale tým AF Corse šampionát vyhrál a spustil tak dlouhotrvající turné úspěchu pro tento model.