V současnosti nám Evropská směrnice umožňuje zcela osvobodit zemní plyn pro pohon motorových vozidel od zdanění. Přesto vláda Stanislava Grosse zavedla v roce 2004 po deseti letech nulové daně na zemní plyn v dopravě spotřební daň. Dnes se na něj vztahuje daň 2,35 Kč/m3. Ve srovnání spotřebních daní ostatních pohonných hmot v ČR je daň na zemní plyn nejvyšším navýšením nad minimem, které nám Směrnice umožňuje využít. Česká plynárenská unie v jednání se státní správou již tři roky usiluje o to, aby daňová zátěž tohoto ekologického paliva nebyla vyšší, než nám stanovuje Evropská unie.
Sazba na uhlovodíková motorová paliva (týká se i zemního plynu používaného jako pohonné hmoty – CNG nebo LNG) v současném návrhu novely zákona o spotřebních daních již třetí rok není nulová, ačkoliv nám ji dnes umožňuje Směrnice 2003/96/EC (článek 15, odst. 1, písm. i) využít. Z každé tuny zemního plynu použitého na dopravu, tak provozovatel zaplatí navíc státu navíc 3355 korun na dani (to odpovídá 2,35 Kč/m3 CNG). I když sazby spotřební daně byly v roce 2004 zvýšeny i u ostatních pohonných hmot, došlo ke zhoršení konkurenceschopnosti zemního plynu, neboť ostatní sazby byly zvýšeny méně (CNG o 2,35 Kč/m3 - benzín o 1 Kč/litr, motorová nafta o 1,80 Kč/litr, LPG o 1,083 Kč/kg).
Zatímco ministři průmyslu a obchodu i životního prostředí využití možnosti nulové sazby spotřební daně pro zemní plyn (CNG nebo LNG) podpořili, negativní sdělení bývalého ministra financí v červnu 2006 všechny zaskočilo. Ze všech předchozích jednání vyplývalo, že vláda je jednotně připravena využití ekologických paliv podpořit. „Bohužel deklarovaná podpora rozvoje užívání zemního plynu jako alternativní pohonné hmoty není v ČR zatím nijak prakticky naplňována. Vláda ani v srpnu 2006 při opakovaném projednávání novely zákona nevyužila možnost, kterou nám Směrnice umožňuje, a sice zcela osvobodit zemní plyn pro pohon motorových vozidel od zdanění,“ říká generální sekretář České plynárenské unie Josef Kastl. „V daňové zátěži spotřebních daní obzvláště u ekologického paliva bychom měli být pouze tam, kde nám to umožňuje Evropská unie. Nulová daň by určitě neprohloubila výrazně schodek státního rozpočtu. Částka cca 6–7 milionů korun, kterou ročně získal český stát na spotřební dani ze zemního plynu, nebyla pro státní rozpočet nijak významná.“
Dnes uvažuje o přechodu na čistý pohon mnoho dopravců městské dopravy, a nejen pro ně, ale všechny další spotřebitele, může být snížení daně důležité pro rozhodnutí o přechodu na levnější a ekologické palivo. V současné době se u nás zemní plyn podílí na celkové spotřebě pohonných hmot zhruba polovinou promile, jezdí asi jen 500 vozů, ve světě ho ale využívají miliony vozů ve více než 60ti zemích světa.
Výnos spotřební daně u zemního plynu pro dopravu od jejího zavedení činil 6,56 mil Kč (v roce 2004) a 7,51 mil. Kč (v roce 2005). Podle materiálu Ministerstva financí „Daňová politika 2002-2006“ byl odhad výše spotřebních daní pro rok 2006 u nás 83 mld. Kč (a to představovalo 13% z celkových daní v ČR), nemohlo se jednat u snížení této daně o žádný "výrazný výpadek příjmů státního rozpočtu", jak odmítl akceptovat snížení daně bývalý ministr financí Bohuslav Sobotka.
Přitom v souladu s Bílou knihou dopravní politiky vláda již schválila:
usnesení o podpoře zemního plynu jako alternativního paliva,
zavázala se splnit indikativní cíl - dosáhnout v ČR do roku 2020 z celkové spotřeby pohonných hmot v dopravě, podílu zemního plynu minimálně ve výši 10 %
uzavřela dohodu s plynárenskými společnostmi, ve které se mimo jiné společnosti zavázaly za určitých podmínek vybudovat na vlastní náklady v ČR 100 plnicích stanic v celkové hodnotě cca 1 mld. Kč (březen 2006)
Ochranu životního prostředí před znečišťováním pocházejícím z dopravy řeší řada států Evropy i světa právě podporou rozvoje využívání zemního plynu – dostupného ekologického zdroje energie současnosti i budoucnosti. Přitom vytvářejí významnou alternativu ke klasickým pohonným hmotám. Proč se nepřipojí k tomuto významnému trendu i ČR?Situace v EU
Dle článku 15 Směrnice je možno zavést celkové nebo částečné snížení úrovně zdanění u zemního plynu používaného jako pohonná hmota. Toto zvýhodnění je zavedeno obecně např. v Belgii, Rakousku nebo Finsku, ve Francii pak ve vozidlech na svoz odpadu poháněných plynem. V Německu bylo už od roku 2003 prodlouženo snížení daně pro zemní plyn jako pohonnou hmotu až do konce roku 2020.
Článek 18 Směrnice také stanovuje výjimky ze zdanění a položky se sníženou daní. Pro CNG (stlačený zemní plyn) jsou schváleny výjimky pro Belgii (zemní plyn a metan, veřejná osobní doprava), Irsko (zemní plyn a metan, pohonné hmoty u vozů pro invalidy, místní veřejná osobní doprava), Itálii (metan jako pohonná hmota, místní veřejná osobní doprava), Lucembursko (zemní plyn a metan, místní veřejná osobní doprava), Nizozemí (zemní plyn a metan), Rakousko (zemní plyn a metan), Finsko (zemní plyn použitý jako pohonná hmota), Portugalsko (zemní plyn a metan použitý jako pohonná hmota v místní veřejné osobní dopravě) a Velkou Británii (zemní plyn a metan použité jako motorové palivo, místní veřejná osobní doprava).
Pro nové členské země EU platí od května 2004 přechodné období s výjimkami, které vyprší v roce 2012. Pro případ CNG může osvobodit od dodatečných spotřebních daní místní veřejnou dopravu Kypr (do jednoho roku po vstupu), Lotyšsko (do 2006), úplné osvobození zemního plynu pro dopravu je možné v Litvě (do 2010). Ve Slovinsku bylo schváleno desetileté přechodné období pro nárůst zdanění zemního plynu, a to do května 2014 nebo do doby, kdy se zemní plyn bude podílet na celkové spotřebě energie 25%.